Tačiau kaimynės išsprendė ne visas tarpusavio problemas, ir tai vis dar įtakoja Kroatijos derybų dėl prisijungimo prie ES eigą. Šios derybos tęsiasi jau penkerius metus, tačiau dabar prasidėjo jų finalinis etapas, ir Kroatija tikisi jas užbaigti per šešis mėnesius.

Aptarti jau visi derybų „skyriai“, o galutinai suderėti dar reikia dėl dešimties klausimų. Iki metų galo gali būti suderėta dėl daugumos sričių, tuomet 2011 metais Kroatijai liktų tik du ar trys patys sudėtingiausi klausimai, susiję su teismų sistema ir konkurencija.

Tačiau, kaip teigia kitų valstybių narių šaltiniai, Slovėnija neleidžia „užversti“ skyriaus dėl kapitalo judėjimo laisvės, nors Kroatija jau įvykdė visus jo reikalavimus. Problema ta, kad Zagrebas atsisako į Kroatijos rinką įsileisti Slovėnijos banką „NLB“. Jų teigimu, šis bankas – tiesioginis senojo Liublijanos banko įpėdinis – yra milijonus eurų skolingas Kroatijos piliečiams, kurie jame laikė savo santaupas Jugoslavijos, kuriai tuomet priklausė abi šalys, egzistavimo laikais. Savo ruožtu Slovėnija teigia, kad Kroatija šitaip pažeidžia laisvo kapitalo judėjimo teisę.

Kita sritis, kuria nepatenkinta Slovėnija, yra žvejyba. Liublijana nori įsitikinti, kad Kroatija nebandys įteisinti saugomos žvejybos zonos, kurią buvo paskelbusi prieš keletą metų.
Vis dėlto abi šalys teigia, kad šie klausimai žymiau nepaveiks kaimynių gerų tarpusavio santykių.