Apie galimybę Minske įkurti savo atstovybę EK Baltarusijos teiravosi dar 2005 vasarą. Po trejų metų, atlikusi visas privalomas vidaus procedūras ir pasirašiusi sutikimą, 2008 m. kovo mėnesį ES Komisija gavo leidimą įsikurti Baltarusijos sostinėje.
Ambasada Baltarusijoje yra 119-ta ES atstovybė visame pasaulyje. Prieš tai ES ambasados vadovas buvo akredituotas Kijeve. Nuo 2008 m. ambasadai Minske vadovauja laikinai paskirtas įgaliotinis Jean-Ericas Holzapfelis. Įsigaliojus Lisabonos sutarčiai, EK ambasada pradėjo vadintis ES ambasada.
Iki 2010 m. rugsėjo 10 d. EK pareigūnai, ES Tarybos nariai ir ES šalių diplomatai gali teikti paraiškas ambasados vadovo pareigoms užimti.
ES perorganizuoja savo struktūras pagal Lisabonos sutartį. Europos užsienio reikalų tarnyba, kuri turėtų pradėti dirbti nuo 2010 m. gruodžio 1 d., siūlo stiprinti ES ambasadas.
EK taip pat paskelbė konkursus ambasadorių pareigoms užimti Brazilijoje, Bosnijoje ir Hercegovinoje, Gruzijoje, Indonezijoje, Kenijoje, Meksikoje, Pakistane, Fidžyje, Etiopijoje ir Gazos ruože.